Através do seu site oficial, a FIFA divulgou a forma de disputa da renovada Copa Intercontinental. No mesmo artigo foram mencionados todos os times que se consagraram campeões do mundo. No entanto, o Boca não aparece nessa lista apesar dos dois títulos conquistados em 2000 contra o Real Madrid e em 2003 contra o Milan, ambas as finais vencidas no Japão. No entanto, em um trecho da nota é explicado o motivo pelo qual esses títulos são reconhecidos como oficiais.
Com a primeira Copa Libertadores realizada em 1960, começou a ser disputada a Copa Intercontinental. Tratava-se de um jogo entre o campeão do continente americano, especificamente um time da Conmebol, contra o vencedor da Europa, representado pela UEFA.
O Boca foi o último campeão argentino. Ganhou a Copa Europeia-Sul-Americana do Real Madrid em 2000 e do Milan em 2003. As exceções foram em 1975 e 1978, quando não foram disputadas devido a incompatibilidades de calendário pelos campeões europeus. O torneio entre continentes foi jogado de forma ininterrupta até 2004, embora a FIFA não reconheça oficialmente as últimas cinco edições.
Isso aconteceu porque em 2000 foi introduzido o Mundial de Clubes. A primeira edição foi inédita: a final foi disputada por dois clubes brasileiros, onde o Corinthians venceu o Vasco da Gama nos pênaltis após o empate em 0 a 0 no tempo normal. Este cenário ocorreu após a eliminação do Real Madrid e a derrota nos pênaltis para o Necaxa na disputa pelo terceiro lugar, também decidida nos pênaltis.
Também em 2000, o Boca venceu o Real Madrid na final por 2 a 1, uma das vitórias mais memoráveis e importantes da história do clube. No entanto, essa Copa Intercontinental não é considerada um título mundial pela FIFA, pois o título oficial foi concedido ao Corinthians.
O Mundial de Clubes não foi disputado novamente até 2005, e por isso a FIFA considerou que os títulos mundiais de 2001 a 2004 ficaram vagos. Nesse período, o Boca conquistou outra Copa Intercontinental em 2003, derrotando o Milan nos pênaltis após o empate em 1 a 1 nos 120 minutos. De qualquer forma, dentro do comunicado da FIFA intitulado “Como funciona e como é jogada a Copa Intercontinental 2024”, há um subtítulo que fala sobre a “Evolução da competição anual de clubes da FIFA”. Ali, um dos parágrafos explica que “Em outubro de 2017, o Conselho da FIFA aprovou uma moção reconhecendo como campeões do mundo de clubes todas as equipes europeias e sul-americanas que haviam vencido a Copa Intercontinental disputada entre 1960 e 2004”.
Os títulos conquistados pelo Boca em 2000 e 2003, que representam as vitórias mais marcantes de sua história, são oficiais e contam como títulos internacionais. O que a FIFA determinou, pelo menos nesta última publicação oficial, é que o Boca não havia sido campeão do mundo nessas ocasiões. No entanto, após algumas horas, a entidade com sede em Zurique corrigiu a lista e adicionou o Boca, bem como outros clubes prejudicados, como Bayern de Munique (vencedor em 2001), o próprio Real Madrid (2002) e o Porto (2004).
