O Boca Juniors é um dos times que terá que passar por uma repescagem para obter um dos quatro lugares vagos na Copa Libertadores de 2025. O xeneize terá que superar duas eliminatórias diretas, conhecidas como Fases 2 e 3, para entrar nas zonas. Na Fase 2, seu adversário será o vencedor da série da Fase 1 entre Alianza Lima (Peru) ou Nacional (Paraguai). O jogo de ida será na semana de 21 de fevereiro e o de volta na semana seguinte na Bombonera.
Na Fase 3, a equipe da Boca Juniors pode enfrentar o Independiente Santa Fe (Colômbia) ou o Deportes Iquique (Chile) e, caso seja eliminado nessa etapa, irá para a Copa Sul-Americana de 2025. O Boca irá decidir todas as eliminatórias como mandante por ter uma melhor posição no ranking da Conmebol do que todos os outros clubes nas fases preliminares.
O Boca Juniors entrou na Copa Libertadores de 2025 com a vaga da ‘Argentina 6’, ou seja, com o último lugar que foi liberado devido à consagração do Vélez na Liga Profesional de 2024. Por causa do título da Copa Sul-Americana de 2024, o Racing liberou um lugar que ficou com o Boca.
Caso seja um dos quatro classificados para a fase de grupos, o Boca Juniors integrará o Pote 4 no sorteio e não terá restrições em relação aos confrontos, podendo enfrentar o River Plate ou qualquer outro time argentino.
